まず、モデリングソフトが必要となります。
オススメするソフトはMetasequoiaです。
https://www.metaseq.net/jp/
シェアウェアではありますが、レジストしなくても
モデリングの機能だけなら利用できます。
ただ独自形式以外の出力に制限があるので
ゲームに使うデータを出力したい場合はレジストの必要があります。
肌に合うかどうか試してみて
合うようならばレジストしてみましょう。
レジストには5000円かかります。
フリーのソフトが使いたい場合はBlenderがおすすめです。
https://blender.jp/
モデリングでなくモーションつけやレンダリングなどの機能もあり
画像制作や映像制作も出来るソフトです。
面倒な作業は嫌だ、簡単にモデリングしたいという人は
DOGA-L1というフリーソフトがオススメです。
http://doga.jp/2010/programs/dogal/dogal1/download...
あらかじめパーツが用意されているので
ブロック感覚でそれを組み合わせるだけでモデリングできます。
自由度は低いですが、シューティングの自機くらいだったら
5分かからず作ることが出来ます。
ここではMetasequoiaを基準に説明しますが
基本的なモデリング技法は他のソフトでも共通なので応用できると思います。